Η διάρθρωση των Υπηρεσιών έχει ως εξής:

Α. Διεύθυνση Διοικητικού/ Οικονομικού

1. Τμήμα Οικονομικού/ Λογιστηρίου.
2. Τμήμα Προβολής και Συνεργασιών.
3. Τμήμα Διοικητικού & Προμηθειών

Β. Διεύθυνση Επιχειρησιακού Σχεδιασμού

1. Τμήμα Συμβουλευτικής και Καινοτομίας.
2. Τμήμα Παροχής Υπηρεσιών.
3. Τμήμα Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων

Γ. Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών

1. Τμήμα Έργων.
2. Τμήμα Μελετών.
3. Τμήμα Υπηρεσιών.

Δ. Γραφείο Νομικής Υποστήριξης.

Ε1. Αυτοτελή Γραφεία και Επιτροπές.

E1.1 Γραφείο Συντήρησης Πληροφοριακών Συστημάτων

   Ε1.2. Υπεύθυνος Προσωπικού.

   Ε1.3 Υπεύθυνος Κεντρικής Βιβλιοθήκης – Αρχείου

   Ε1.4 Τεχνικός Ασφαλείας.

Ε1.5 Υπεύθυνος Ποιότητας.

Ε1.6 Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου.

Ε2. Επιτροπές

Ε2.1. Επιτροπές παραλαβής Υπηρεσιών/ Προμηθειών/ Έργων/ Μελετών.

Ε2.2. Η Επιτροπή Αναπτυξιακού Σχεδιασμού- Επιστημονική Επιτροπή

Ε2.3. Η Επιτροπή Εσωτερικού Ελέγχου